肝作为五脏之一，是脊椎动物身体内以代谢功能为主的一个器官，在身体内充分扮演着去氧化，储存肝糖，分泌性蛋白质的合成等等的重要角色，并且肝脏也制造消化系统中的胆汁。通过PubMed数据库检索，从年1月1日到年11月1日，单细胞技术应用于肝脏研究的文章共有篇，现对IF≥10的代表性文章进行导读。欢迎阅读收藏。
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英文题目：Paired-cellsequencingenablesspatialgeneexpressionmappingofliverendothelialcells
中文题目：配对细胞测序使肝脏内皮细胞的空间基因表达图谱成为可能
发表时间：/11/1
发表杂志：NatBiotechnol
影响因子：36
DOI：10./nbt.
摘要：
空间分辨率的单细胞RNA测序（scRNA-seq）是一种强大的方法，可推断细胞类型与其在组织中的位置之间的联系。我们最近将scRNAseq与空间定位的标记基因相结合来推断肝细胞的表达分区。然而确定具有低mRNA含量或没有高表达标记基因的小细胞的分区仍然具有挑战性。在这里，我们使用了配对细胞测序，其中来自配对的小鼠细胞对的mRNA进行了测序，并使用了一种细胞类型的基因表达来推断这些对的组织空间坐标。我们将这种方法应用于成对的肝细胞和肝内皮细胞（LECs）的研究。利用来自肝细胞的空间信息，我们重建了LEC分区并提取了一群具有里程碑意义的基因，我们将其用于LEC的scRNA-seq数据。我们的方法揭示了Wnt配体和Dkk3Wnt拮抗剂在不同的中央周围LEC亚群中的表达。
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英文题目：EpithelialPlasticityduringLiverInjuryandRegeneration
中文题目：肝损伤和再生过程中的上皮可塑性
发表时间：/10/1
发表杂志：CellStemCell
影响因子：21
DOI：10./j.stem..08.
摘要：
肝受到损伤后，肝细胞和胆管细胞快速增殖，肝脏上皮细胞高效再生。然而，当常驻上皮细胞的增殖受到损害时，会出现替代的再生机制。复杂的谱系追踪策略和再生应激的实验模型揭示了肝细胞和胆管细胞之间一定程度的可塑性。一些新技术，如单细胞组学，结合功能研究，将有助于揭示该领域剩余的未知内容。在这篇综述中，我们评估了肝脏上皮可塑性的实验和临床证据，以及这如何影响慢性肝病治疗策略的发展。
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英文题目：EndothelialGATA4controlsliverfibrosisandregenerationbypreventingapathogenicswitchinangiocrinesignaling
中文题目：内皮细胞GATA4通过阻止血管分泌信号的致病性转换来控制肝纤维化和再生
发表时间：/9/8
发表杂志：JHepatol
影响因子：21
DOI：10./j.jhep..08.
摘要:
背景和目的：肝窦内皮细胞(LSEC)的血管分泌信号调节肝脏功能，如肝脏生长、代谢成熟和再生。最近，在开发过程中，我们将GATA4确定为LSEC规范的主调节器。在这里，我们研究了成人肝脏和肝脏疾病发病机制中的内皮细胞GATA4。
方法：我们在LSEC建立了缺乏Gata4的成年LSEC小鼠。肝脏通过组织学、电子显微镜、免疫组织化学/免疫荧光、原位杂交以及表达谱、芯片和ATAC测序对分离的LSEC进行分析。为了肝再生，进行了部分肝切除术。采用CDAA饮食和慢性四氯化碳暴露作为肝纤维化模型。对健康和肝硬化患者的人类单细胞RNA-seq数据集进行内皮细胞改变分析。
结果：LSEC成年小鼠遗传性Gata4缺乏导致窦周肝纤维化、肝病和肝再生障碍。正弦毛细血管化和LSEC-托连续内皮转分化伴随着纤维化前血管分泌的转换，包括肝星状细胞激活细胞因子Pdgfb的新生内皮表达。通过激活MYC介导的血管分泌Pdgfb表达增加染色质可及性和扩增。在CDAA饮食诱导的窦周肝纤维化中，LSEC表现出GATA4的抑制、MYC的激活和在Gata4LSEC-KO小鼠中已经检测到的促纤维化血管分泌开关。CDAA喂养的Gata4LSEC-高尿酸血症小鼠和对照组小鼠的比较表明，内皮GATA4确实可以防止饮食诱导的期刊预防9窦周肝纤维化。在人类肝硬化中，GATA4阳性的LSEC和内皮GATA4靶基因减少，而非LSEC内皮细胞和MYC靶基因包括PDGFB增加。结论内皮细胞GATA4通过在染色质水平上抑制MYC激活和促纤维化血管生成信号来保护窦周肝纤维化。靶向GATA4/MYC/PDGFB/PDGFRβ轴的治疗为肝纤维化的预防和治疗提供了一种有前途的策略。
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英文题目：ASingle-CellPerspectiveoftheMammalianLiverinHealthandDisease
中文题目：哺乳动物肝脏在健康和疾病方面的单细胞观点
发表时间：/4/1
发表杂志：Hepatology
影响因子：15
DOI：10./hep.
摘要：
肝脏是最大的内部器官，由肝细胞和非实质细胞(NPCs)组成，包括肝窦内皮细胞(LSECs)、常驻巨噬细胞库普弗细胞(KCs)、肝星状细胞(HSCs)、胆管上皮细胞(BECs，或胆管细胞)和各种免疫细胞类型。肝脏中的细胞通过配体和受体网络相互交流，并在疾病中经历细胞类型特异性转录重编程。肝脏的一个独特的解剖学特征是其来自门静脉和肝动脉的双重血液供应。从门静脉三联体到中心静脉的血流产生了营养物质、氧气、激素和肠源性内毒素的梯度，共同形成了肝细胞的分子和功能异质性。虽然肝脏分带的概念得到了早期使用组织学方法的研究的支持，但是阐明肝细胞异质性的分子本质仍然是一个具有挑战性的问题。肝脏在葡萄糖(糖异生和糖原储存)和脂质代谢(脂肪生成、脂肪酸β-氧化和脂蛋白代谢)中起着核心作用。肝脏葡萄糖生成增加和脂肪堆积过多分别是糖尿病和非酒精性脂肪肝的特征。后者可能发展为非酒精性脂肪性肝炎(NASH)，一种更严重的代谢性肝病，其特征为持续的肝损伤、炎症和肝纤维化。除了肝细胞，已知NPC还调节肝病发病机制的不同方面。然而，它们在疾病中的异质性和动态调节尚未完全阐明。新兴的单细胞基因组学技术已经改变了对复杂器官和组织的研究。特别是，单细胞RNA测序(scRNA-seq)提供了一种强有力的工具，可以以前所未有的分辨率绘制细胞的转录图谱，并描绘发育、体内平衡和疾病中细胞事件的动态性质。这篇综述涵盖了最近对小鼠和人类肝脏的单细胞研究，并提供了对肝细胞异质性、肝内配体-受体串扰和疾病相关细胞重编程本质的新见解。
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英文题目:Single-cellRNAsequencingofhumanliverrevealsdistinctintrahepaticmacrophagepopulations
中文题目：人类肝脏的单细胞RNA测序揭示了不同的肝内巨噬细胞亚群
发表时间：/10/22
发表杂志：NatCommun
影响因子：12
DOI：10./s---7
摘要：
肝脏是人体最大的实体器官，对代谢和免疫功能至关重要。然而，人们对构成人类肝脏的细胞及其免疫微环境知之甚少。在这里，我们报告了利用单细胞RNA测序的人类肝脏细胞图谱。我们提供了从5个人肝脏新鲜肝组织中分离得到的个实质细胞和非实质细胞的转录谱。使用基因表达模式，流式细胞仪和免疫组织化学检查，我们确定了20个离散的细胞群，包括肝细胞、内皮细胞、胆管细胞、肝星状细胞、B细胞、常规和非常规T细胞、nk样细胞以及不同的肝内单核细胞/巨噬细胞群。总之，我们的研究以单细胞分辨率展示了人类肝脏的全面视图，概述了肝脏中驻留细胞的特征，特别是提供了人类肝脏免疫微环境的图谱。
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英文题目：Holo-Seq:single-cellsequencingofholo-transcriptome
中文题目：Holo-Seq:对全转录组的单细胞测序
发表时间：/10/17
发表杂志：GenomeBiol
影响因子：11
DOI：10./s---7
摘要：
当前的单细胞RNA-seq方法受到预扩增偏倚，原始链信息丢失以及无法观察小RNA和mRNA双转录组的阻碍。在这里，我们介绍了克服了所有三个障碍的单细胞全转录组测序（Holo-Seq）。Holo-Seq具有与批量RNA-seq相同的定量精度和均匀的覆盖范围，并具有完整的起源信息链。最重要的是，Holo-Seq可以同时观察单个细胞中的小RNA和mRNA。此外，我们获得了32个人类肝癌单细胞的小RNA和mRNA双转录组，显示了这些细胞的全基因组超增强活性和肝肿瘤动力学。
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英文题目：Single-cellanalysisrevealscancerstemcellheterogeneityinhepatocellularcarcinoma
中文题目：单细胞分析揭示了肝癌中癌症干细胞的异质性
发表时间：/7/1
发表杂志：Hepatology
影响因子：15
DOI：10./hep.
摘要：
肝癌的瘤内分子异质性部分归因于肝癌干细胞（CSC）的存在。由各种细胞表面标志物定义的不同CSC群体可能包含不同的致癌驱动因子，这给分子靶向治疗的定义带来了挑战。我们结合了单细胞水平上肝癌细胞的转录组学和功能分析，以评估CSC异质性的程度。我们提供的证据表明，单细胞水平的肝CSC在表型，功能和转录组上均是异质的。我们发现不同的CSC亚群包含不同的分子特征。有趣的是，不同CSC亚群内的不同基因与肝细胞癌的预后独立相关，这表明不同的肝CSC转录组会影响肿瘤内异质性和肿瘤进展。
结论：我们的工作为CSC亚群的生物多样性提供了独特的见解，其分子异质性进一步突显了它们在肿瘤异质性，预后和肝CSC治疗中的作用。
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英文题目：Injectableanddetachableheparin-basedhydrogelmicropatchesforhepaticdifferentiationofhADSCsandtheirlivertargeteddelivery
中文题目：可注射和可分离的基于肝素的水凝胶微贴剂用于hADSCs的肝分化及其肝靶向递送
发表时间：/5/1
发表杂志：Biomaterials
影响因子：10
DOI：10./j.biomaterials..03.
摘要：
通过光聚合和光刻技术制备了一种显微图案的肝素基水凝胶体系，该体系可在一次加载后持续释放多种生长因子，并将其作为培养基质用于将hADSCs分化为肝脏谱系。在调节凝胶弹性时，在软水凝胶（?Pa）上观察到了hADSCs成熟分化为肝谱系的基因表达和肝标志物的免疫荧光染色，以及功能特性，如糖原存储能力以及白蛋白和尿素的生成。这种最佳的基于肝素的水凝胶可用于制备包含肝分化细胞的微片，方法是：1）在聚电解质多层（PEM）上对凝胶进行微图案化；2）植入hADSCs并诱导肝分化；3）电化学回收附着在细胞上的细胞微补丁。在体内注射后，与大鼠模型中的单细胞注射相比，回收的细胞微补丁在肝脏中的保留时间延长，功能增强。综上所述，这种可注射和可拆卸的肝素基水凝胶系统可作为体外在良好控制的微环境下干细胞分化以及体内分化细胞靶向递送的总平台。
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英文题目：Decodinghumanfetalliverhaematopoiesis
中文题目：解码人胎肝造血
发表时间：/10/1
发表杂志：nature
影响因子：42.
DOI：10./s---y
摘要：
明确的胎肝造血支持造血干细胞和多能祖细胞(HSC/MPPs)的自我更新和分化，但在人类中仍然没有明确的定义。在这里，使用大约,个肝脏细胞和74,个皮肤、肾脏和卵黄囊细胞的单细胞转录组图谱，我们确定了人类血液和免疫细胞在发育过程中的谱系。我们从HSC/MPPS中推断分化轨迹，评估组织微环境对血液和免疫细胞发育的影响。我们揭示了胎儿皮肤的生理性红细胞生成，以及卵黄囊中存在肥大细胞、自然杀伤细胞和先天淋巴样细胞前体。我们发现在妊娠期间胎肝的造血成分发生了转变，从红系为主，伴随着HSC/MPPs分化潜能的平行变化，我们从功能上证实了这一点。我们的胎肝造血综合图谱为儿科血液和免疫疾病的研究提供了蓝图，也为利用HSC/MPPS的治疗潜力提供了参考。
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英文题目：Ahumanlivercellatlasrevealsheterogeneityandepithelialprogenitors
中文题目：人类肝细胞图谱显示了异质性和上皮祖细胞
发表时间：/8/1
发表杂志：nature
影响因子：42.
DOI：10./s---2
摘要：
人的肝脏是一个重要的多功能器官。肝病的发病率正在上升，治疗选择有限。然而，肝脏的细胞组成仍然知之甚少。在这里，我们对来自9个人类捐赠者的正常肝组织中的大约10,个细胞进行了单细胞RNA测序，以构建一份人类肝细胞图谱。我们的分析确定了以前未知的内皮细胞、库普弗细胞和肝细胞的亚型，并对其中一些人群进行了转录组范围的分区。我们发现EPCAM+群体是异质性的，包括偏向肝细胞和胆管细胞群体，以及TROP2int祖细胞群体，具有很强的形成双能肝脏器官的潜力。作为原则的证明，我们使用我们的图谱来揭示发生在肝细胞癌细胞以及植入小鼠肝脏的人肝细胞和肝内皮细胞中的表型变化。我们的人类肝细胞图谱提供了一个强大的资源，使我们能够在正常和疾病的肝脏中发现以前未知的细胞类型。
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英文题目:Singlecellanalysisofhumanfoetallivercapturesthetranscriptionalprofileofhepatobiliaryhybridprogenitors
中文题目：人胎肝单细胞分析捕获肝胆杂交祖细胞的转录图谱
发表时间：/7/26
发表杂志：nature
